НКП відкрився в 2001 році, коли керівництво Запорізького СІЗО звернулося в  Жовтневий  відділ  освіти з проханням організувати консультативну службу для допомоги офіцерам СІЗО з навчально-виховної роботи з неповнолітніми ув’язненими. 
На протязі 2001-2022 р. адміністрація  та педагогічний колектив школи, а тепер ліцею, тісно співпрацює з офіцерами соціологічної служби Запорізького СІЗО, організовувує освітній процес.
Керівництвом Запорізького СІЗО за цей період  було перебудовано  дві камери під класні кімнати, оснащено їх відео і аудіоапаратурою, закуплені  були канцтовари для учнів НКП.
Дружніми зусиллями  були зібрані підручники та придбані меблі для класів.
Це дає можливість  організувати освітній процес  для учнів тимчасово позбавлених волі.

На протязі навчального року кількість учнів  може коливатися. Це пов’язано з великою плинністю учнівського складу. Судове слідство може тривати  від 1-2 місяці до 2 років і більше. Весь цей період ув’язнений знаходиться в СІЗО і є учнем ліцею.
За весь цей період навчалось чимало учнів. Деякі  з них завершили навчання та отримали документ про освіту.
Освітній процес
Навчальні заняття проходять згідно розкладу. Ліцей забезпечує організацію освітнього процесу для неповнолітніх ув’язнених і засуджених, які не мають повної загальної середньої освіти, за вечірнею формою навчання.
Крім навчальних занять ведеться і позакласна робота, проводяться бесіди з неповнолітніми порушниками  та засудженими ув’язненими .
Робота педагогів ліцею ведеться в тісному контакті з заступником начальника СІЗО, з відділом соціально-виховної роботи, психологом, представниками православної церкви.
Педагогічний колектив
В НКП при Запорізькому СІЗО працює 8 вчителів ліцею. Викладаються всі основні предмети. Всі педагоги  мають  вищу освіту, достатній рівень викладання свого предмету та чималий досвід роботи.